マイナンバーカードをスマートフォンに当てる位置が正しくない可能性があります。

以下のように、押し当ててください。

■iPhoneの場合
スマートフォンの上部に、マイナンバーカードの中心を、押し当てて、動かさずに、しばらくお待ちください。

■Androidの場合
裏面のモバイル非接触IC通信マーク（マークのイメージ図）に、マイナンバーカードの中心を、押し当てて、動かさずに、しばらくお待ちください。

なお、スマートフォンのケースを外すと、さらに読み取りやすくなるので、お試しください。

【読み取りの際の注意点】
・顔写真を表に向けて読み取りを行ってください
・パスワード入力から読み取り完了までスマートフォンとマイナンバーカードをピッタリあて続けてください
・読み取りが完了するまでに、5秒以上かかる場合があります
・金属の机の上では読み取れない場合があります
・カバー類を外すと読み取りやすくなる場合があります。反応が悪い場合はカバーを外してお試しください
・充電やイヤホン等のケーブルは、はずしてください
・Androidの場合は、NFC／おサイフケータイの機能をONにしてください

引用元：https://faq.myna.go.jp/faq/show/3515?site_domain=default